Die bewährten Kompetenzen des Teams der Swiss Philanthropy Foundation stellen ein professionelles operatives und Finanz-Management sicher. Die Stiftung vereint Fachkräfte aus der Zivilgesellschaft und dem Privatsektor: Diese Vielfalt, die stiftungseigenen Kompetenzen und die Netzwerkarbeit stellen die Unabhängigkeit der Stiftung gegenüber Spenderinnen und Spendern, Nutzniessenden oder finanzierenden Einrichtungen sicher. Die einzelnen Akteurinnen und Akteure der Stiftung organisieren sich in verschiedenen Gremien.
Der Stiftungsrat setzt sich aus sieben Mitgliedern zusammen. Er trifft sich mindestens viermal pro Jahr und überwacht die Stiftungsaktivitäten. Ende 2014 erarbeitete er eine Good-Governance-Charta, um allen Einzelpersonen und Institutionen, die mit der Stiftung in Kontakt sind bzw. ihre Dienstleistungen in Anspruch nehmen, einen transparenten und professionellen Rahmen zu garantieren.
Der Finanzausschuss berät und unterstützt den Stiftungsrat in allen Fragen im Zusammenhang mit dessen Aufsichtspflicht in Bezug auf die Investitionspolitik, Prozesse für Finanzanlagen und die Zuweisung von Geldmitteln. Dies im Hinblick auf das Ziel und die Mission der Stiftung – sowohl in Bezug auf ihre Eigenmittel als auch die ihr anvertrauten zweckgebundenen Mittel.
Die laufende Verwaltung der Stiftung wird von einem kleinen Team gemanagt, um eine möglichst effektive und schnelle Prozessabwicklung sicherzustellen. Es findet ein reger Austausch mit den Mitgliedern des Stiftungsrates statt, um so vollen Nutzen aus den jeweiligen Fachkenntnissen zu ziehen.